Institutul Național de Cercetare-Dezvoltare Medico-Militară „Cantacuzino” a realizat un prim studiu legat de întregul genom al virusului SARS-CoV-2 identificat în România. Studiu a fost coordonat de biolog specialist dr. Mihaela Lazăr, șef Laborator Infecții Respiratorii Virale.
Secvențierea genomului virusului SARS-CoV-2 în România:
În fazele incipiente ale epidemiei din România, sursa de infecție a fiecărui caz a fost identificată prin anchete epidemiologice amănunțite, urmate de detecția și izolarea/ carantinarea contacților. Odată cu răspândirea virusului în populația generală, această strategie nu mai poate furniza date exacte. Pe măsură ce virusul se răspândește, apar multiple oportunități de selecție naturală a unor mutații care pot avea impact major asupra transmisibilității virusului. Secvențierea genomică oferă o alternativă de monitorizare în timp real a dinamicii transmiterii virale, prin identificarea unor secvențe care agregă împreună în clustere și corelarea lor cu datele clinice și epidemiologice.
Primele informații asupra întregului genom al virusului SARS-CoV-2 identificat în România, au fost obținute în Laboratorul Infecții Respiratorii Virale, Centrul Național de Gripă din Institutul Național de Cercetare-Dezvoltare Medico-Militară ”Cantacuzino”, prin utilizarea tehnologiei secvențierii de nouă generație (NGS) cu ajutorul sistemului de secvențiere Illumina MiSeq și a softului DNASTAR Lasergene.
Analiza filogenetică a primelor trei genomuri secvențiate (întregul genom, acoperire 100%) au evidențiat identitate 99.95% cu tulpina de referință Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete genome (NCBI Reference Sequence: NC_045512.2) și identitate 99,97% – 99,96% cu tulpini identificate în Austria, Danemarca, Franța, Germania, Grecia, India, Italia, Marea Britanie, Spania sau SUA
Deoarece acest virus este una dintre cele mai mari amenințări cu care oamenii s-au confruntat în ultima vreme, la nivel mondial se depun eforturi considerabile pentru secvențierea tulpinilor de SARS-Cov-2 pentru identificarea originii virusului, a surselor de proveniență ale epidemiilor din diferite regiuni și a dinamicii transmiterii intracomunitare.
Înțelegerea modului de răspândire este crucială pentru lupta care trebuie dusă împotriva acestui virus. Pentru identificarea unui profil viral specific României, studiul va fi completat cu analize ulterioare și va cuprinde secvențele virusului izolat din diferite regiuni geografice, de la pacienți asimptomatici, cu simptome ușoare și severe.
Identificarea variantelor genomice și analiza filogenetică a tulpinilor SARS-CoV-2 din România va permite monitorizarea patogenicității tulpinilor circulante în relație cu exprimarea fenotipică a infecției la pacienții cu COVID-19 precum și a potențialului de adaptare a virusului SARS-CoV-2 la organismele umane. Secvențierea genetică poate ajuta la înțelegerea COVID-19 în vederea alcătuirii unui ghid al tratamentelor în viitor și posibil, pentru evaluarea impactului intervențiilor medicale cu rol în îmbunătățirea stării de sănătate.
Biolog specialist dr. Mihaela Lazăr
